Sekolah Dasar Xaverius 9 berdiri pada tahun 1983 dengan Akta Pendirian No 268/111.3/540/1987. SD Xaverius 9 Palembang adalah milik Yasasan Xaverius Pusat Palembang, yang waktu itu Ketua Yayasannya adalah R.I. Soediro Pranoto, dan bernaung di bawah Keuskupan Palembang dengan nama Bapa Uskupnya Mgr. J.H. Soudant,SCJ.

Pada waktu pertamakali didirikan SD Xaverius 9 memiliki 3 ruang kelas, 1 ruang Kepala Sekolah, 1 ruang Tata usaha, 2 toilet, dan 1 rumah untuk penjaga sekolah. TK Xaverius dibangun di lokasi terpisah, dengan 1 ruang kelas, dan 1 ruang guru bergabung dengan ruang KS. Kemudian dibangunlah gedung SMP Xaverius Filial Kenten, sebanyak 3 ruang, yang merupakan Filial/masih menginduk pada SMP Xaverius 3 Sekojo Palembang. Diantara bangnan SD dan SMP di manfaatkan sebagai ruang guru.

Pada perkembangan berikutnya murid SD Xaverius 9 bertambah hingga harus mengatur kelasnya masuk pagi dan siang hari. Tahun 2000 dibangunlah gedung tambahan untuk SD Xaverius 9 sebanyak 5 ruang, dan 1 ruang Kepala sekolah bersama ruang TU, dan 1 ruang guru menyambung dengan gudang ( Ruang KS , Ruang TU yang lama, dan rumah penjaga sekolah dirombak). Juga terjadi panambahan ruangan, untuk Toilet siswa dan guru, juga tempat parker kendaraan siswa dan guru.

Perkembangan berikutnya SMP Xaverius 3 Filial berdiri sendiri menjadi SMP Xaverius 7, dan menambah bangunan dengan 1 ruang KS-WKS-dan ruang TU, 1 ruang guru, 1 ruang perpustakaan dan 2 ruang kelas.

Kemudian Yayasan xaverius juga membangun gedung SMEA Xaverius ( 2 lantai ) ruang kelas dilengkapi dengan ruang KS, Ruang Guru dan Ruang mengetik. Karena Siswa SMEA berkembang pesat dan waktu itu dengan 2 jurusan ADM.Perkantoran dan Akuntansi, maka kemudian dibangunlah local 4 lantai lengkap dengan ruangan lainnya, dan berubah nama menjadi SMK Xaverius 1. Karena siswa SMP Xaverius 7 juga berkembang pesat, ruang kelas SMEA digunakan untuk SMP Xaverius 7, dengan merombak 1 kelas menjadi ruang computer digunakan bersama untuk SMK dan SMP.

Perkembangan siswa SD xaverius 9 sampai pada jumlah 3 kelas parallel dari Kelas I sampai kelas VI, maka pengaturannya tetap sekolah pagi dan siang,walaupun masih harus menggunakan gedung SMP Xaverius 7, sampai tahun Pelajaran 2016/2017. Akhirnya pada tahun 2015 mulailah dibangun gedung SD Xaverius 9 Pelembang, 3 lantai dengan jumlah ruang kelas 18 ruang dengan dilengkapi toilet. Setelah bangunan baru selesai , barulah SD Xaverius 9 bisa dijalankan KBM mulai pagi hari….sampai sekarang.

Ruang Guru menggunakan Ruang Kelas lama bergabung dengan Ruang WKS, Ruang UKS menggunakan Ruang Kelas lama bergabung dengan gudang, Ruang TU menempati Ruangan yang dulunya gang yang menghubungkan halaman sekolah dengan ruangan-ruangan di bagian belakang.

Kepala sekolah dari masa ke masa